El Departamento de Contabilidad, Costos y Presupuestos es el área encargada del análisis y planeación financiera y contable. Dentro del mismo se hallan dos procesos; el primero se destaca por el análisis de la información financiera de la institución hasta lograr la generación de los estados financieros corporativos, al igual que el control del cumplimiento de aspectos fiscales nacionales y territoriales; el segundo proceso es la planeación financiera de la organización, mediante la proyección y puesta en marcha de la metodología de presupuesto de caja base cero.

En el tema de los costos esta área administra la información de costos académicos y proyecta nuevos estudios con el objetivo de evaluar la viabilidad de nuevos proyectos y la definición de tarifas de algunos conceptos.

El presupuesto y los estados financieros anuales son presentados para aprobación del Honorable Consejo Superior Universitario.