La Universidad Santiago de Cali Posee una estructura de cogobierno representada por cuerpos colegiados, organismos administrativos y de control.
El Presidente del Consejo Superior es la primera autoridad en la institución, seguido del Rector quien actúa como representante legal. Posterior a ellos existe una línea delegable de autoridad y responsabilidad.
Consejo Superior Universitario
Es la suprema autoridad académica, administrativa y financiera de la Universidad Santiago de Cali.
Consejo Académico
La dirección académica de la Universidad está a cargo del Consejo Académico.
Consejos Asesores de Plan o Programa
En cada Plan o Programa existirá un consejo asesor compuesto por : Director del Plan o Programa, dos profesores con sus respectivos suplentes y dos estudiantes de cada Plan o Programa.
Presidente del Consejo Superior Universitario
Es el representante y máxima autoridad del Consejo Superior.
Rector
Es el representante legal y primera autoridad ejecutiva de la Universidad Santiago de Cali, le corresponde la dirección y orientación de la política universitaria, participa en el Consejo Superior y preside, por derecho propio y estatutario, el Consejo Académico y todos los actos y honores que se legitiman con su asistencia. Tendrá como órgano asesor el Comité Ejecutivo de Rectoría.
Vicerrector (a) Académico
Tiene a su cargo la dirección de la academia en la Universidad con carácter gerencial y de gestión, a su vez orienta la política de la Capacitación de Docentes, Investigación, Extensión y Desarrollo Social. También debe velar por el funcionamiento y cumplimiento de los estatutos: General, Docente y Estudiantil.
Secretario General
Dependencia encargada de coordinar todas las actividades que comprenden relaciones sociales externas e internas de la Universidad, definidas en protocolo con entidades públicas, nacionales e internacionales, a su vez es la responsable del cuidado, mantenimiento, manejo y control del archivo general de la Universidad, e igualmente, de la comunicación, divulgación oficial interna y externa de las políticas generales que defina la Dirección de la Universidad y del proceso electoral.
Vicerrector (a) Administrativo
Tiene a su cargo la administración de los bienes y patrimonios, tanto físicos como sociales de la Universidad y debe velar por la logística de la administración de dichos bienes con carácter de gestión, competitividad, calidad y resultados.
Es soporte básico en conjunto con el Rector y Vicerrector, para la gestión y control administrativo de la Universidad.
Director (a) Bienestar Universitario
Es el responsable del manejo y gestión de las políticas de Bienestar Universitario y del mejoramiento de la calidad de vida de todos los estamentos e integrantes de la Comunidad Universitaria; al igual que el Gerente Administrativo, debe velar por la gestión y competitividad en la prestación precisa de los servicios de Desarrollo y Extensión Social, en búsqueda de la calidad de los mismos, para todos y cada uno de los integrantes de la Institución.
Director (a) Financiero
Responsable del manejo de las finanzas de la Universidad, el proyecto de desarrollo económico y social, el manejo estratégico y operacional de los fondos de la Universidad y la rentabilidad económica para proyectos sociales.
Decanos
Presiden las seis facultades de la Universidad en todas las actividades que las competen y tienen a su cargo Directores de Programa, Secretarios Académicos, Directores de Programa y Docentes.
Directores de Plan o Programa
Son los coordinadores de todas las actividades académicas y curriculares de dichos planes o programas.
Directores de Postgrado
Son los coordinadores de todas las actividades académicas y curriculares de dichos postgrados.