Es la dependencia encargada de la dirección y orientación de la Universidad, en observancia de la Constitución, las leyes, los Estatutos y las providencias emanadas de los organismos del cogobierno, Consejos Superior y Académico, de Facultad y Asesores de Plan.

El Rector ejerce la representación legal y es la primera autoridad ejecutiva de la Universidad.  Responsable de la administración académica, administrativa y financiera, orienta las políticas y establece las directrices conforme a lo establecido en el Estatuto Orgánico, hacia el logro del objeto misional institucional, administrando con carácter de calidad, gerencia, gestión, competitividad y análisis de resultados. 

Coordina las actividades de las unidades docentes, administrativas, de bienestar, investigativas y las de todos los servicios institucionales.  Como ordenador del gasto responde por todo lo relacionado con la administración y conservación del patrimonio de la Universidad. 

Es nombrado por el Consejo Superior.